Το 1996 ξεκίνησε ο θεσμός με μια διαδρομή που εκκινούσε από το Μαραθώνα και κατέληγε στο Πικέρμι. Η διοργάνωση δεν πρόλαβε να στεριώσει, όμως, και μετά μόλις δύο χρόνια διεξαγωγής (1996 και 1997) σταμάτησε, μια διακοπή που κράτησε 15 χρόνια!
Όταν, το 2012, ο ΣΕΓΑΣ αποφάσισε να εγκαινιάσει τον Ημιμαραθώνιο της Αθήνας, το Πανελλήνιο Πρωτάθλημα της απόστασης επανήλθε και έκτοτε διεξάγεται ανελλιπώς στο ιστορικό κέντρο της Αθήνας με εξαίρεση τη χρονιάς της πανδημίας, το 2020, όταν έλαβε χώρα στην περιοχή του Σχινιά στο Μαραθώνα.
Τις περισσότερες νίκες στο θεσμό έχει πετύχει ο Παναγιώτης Καραΐσκος, πέντε τον αριθμό και μάλιστα συνεχόμενες, από το 2019 έως και το 2023. Το 2022, αν και δεν κέρδισε το διεθνή Ημιμαραθώνιο, όπου επικράτησε ο Ρουμάνος Αλεξάντρου Κορνέσκι, πέτυχε το ρεκόρ Πανελληνίου Πρωταθλήματος με 1.07.45.
Στις γυναίκες η Κατερίνα Ασημακοπούλου επικράτησε τρεις σερί φορές από το 2020 έως το 2022 και έγινε η αθλήτρια με τις περισσότερες νίκες στη διοργάνωση (το 2021 το Διεθνή Ημιμαραθώνιο κέρδισε η Βρετανίδα Άλις Ράιτ με το ρεκόρ διοργάνωσης, 1:14.53). Το ρεκόρ του Πανελληνίου Πρωταθλήματος ανήκει στην Ράνια Ρεμπούλη από το 2016 με επίδοση 1.16.57.
Οι νικητές και οι νικήτριες του Πανελληνίου Πρωταθλήματος ανά χρονιά:
Άνδρες
2023 Παναγιώτης Καραΐσκος (Πανελλήνιος ΓΣ) 1.07.59
2022 Παναγιώτης Καραΐσκος (Πανελλήνιος ΓΣ) 1.07.45
2021 Παναγιώτης Καραΐσκος (Πανελλήνιος ΓΣ) 1.08.32
2020 Παναγιώτης Καραΐσκος (Πανελλήνιος ΓΣ) 1.09.33
2019 Παναγιώτης Καραΐσκος (Πανελλήνιος ΓΣ) 1.08.04
2018 Κώστας Γκελαούζος (ΠΑΟ) 1:08:30
2017 Γιάννης Ζερβάκης (ΓΣ Βιτσέντζος Κορνάρος) 1.09.03
2016 Κώστας Γκελαούζος (Παναθηναϊκός ΑΟ) 1.08.35
2015 Γιώργος Μενής (ΑΟ Ποσειδών Σύρου) 1.12.36*
2014 Μιχάλης Παρμάκης (ΜΕΑΣ Τρίτων) 1.09.55
2013 Κώστας Πούλιος (Παναθηναϊκός ΑΟ) 1.09.07
2012 Δημήτρης Τσιούνης (ΓΣ Πύλης) 1.14.17
1997 Χρήστος Τούλας (ΓΣ Καλαμπάκας) 1:08.36
1996 Νικήτας Μαρκάκης (ΓΑΣ Ιλισσός) 1:12.05
* Νικητής του αγώνα ήταν ο Μιχάλης Παρμάκης, αλλά έτρεξε ως ανεξάρτητος.
Γυναίκες
2023 Ισμήνη Παναγιωτοπούλου (ΓΣ Αναγέννηση Λαμίας) 1.17.46
2022 Κατερίνα Ασημακοπούλου (ΑΟ Μυκόνου) 1.19.42
2021 Κατερίνα Ασημακοπούλου (ΑΟ Μυκόνου) 1.18.34
2020 Κατερίνα Ασημακοπούλου (ΑΟ Μυκόνου) 1.19.20
2019 Στεφανία Λεοντιάδου (ΑΟ Δρομέας Αμαρουσίου) 1.20.43
2018 Ελευθερία Πετρουλάκη (ΑΟ Μυκόνου) 1.20.01
2017 Ράνια Ρεμπούλη (ΑΓΕΣ Κάμειρος) 1.19.44
2016 Ράνια Ρεμπούλη (ΓΣ Νέων Λέρου) 1.16.57
2015 Σοφία Ρήγα (ΓΣ Ελευθέριος Βενιζέλος) 1.21.58
2014 Μάγδα Γαζέα (ΑΓΕ Ζακύνθου) 1.22.09
2013 Μάγδα Γαζέα (ΑΓΕ Ζακύνθου) 1.17.54
2012 Κωνσταντίνα Στεφανοπούλου (ΑΟ Πέλοψ Πάτρας) 1.24.54
1997 Μαρία Ψαθά (Πανιώνιος ΓΣΣ) 1:24.47
1996 Μαρία Ψαθά (Πανιώνιος ΓΣΣ) 1:29.05